Izofermentų trūkumai

Palyginti nedidelė genetinė įvairovė, nes baltymai yra raiškos produktai, todėl negalima spręsti apie nekoduojamus regionus, tik dalį baltymų galima dažyti specifiniu dažymu taip pat ne visi genetinės informacijos pokyčiai lemia aminorūgščių pakaitas arba šios pakaitos ne visada keičia baltymo mobilumą gelyje, mėginius galima paimti tik intervenciniu būdu, tirpių baltymų molekulės santykinai nestabilios